Внимание!!! На кафедре уже запущен сервер!!!
В пятницу, 27 апреля, в 15:20 в компьютерном классе будет первое занятие по удаленному доступу и элементарным юниксовским операциям.

Лекции	Дополнительные материалы
Лекция 1      Введение. Основные задачи молекулярной эволюции. Основные базы данных молекулярной биологии – NCBI, EMBL, ExPASy, PDB и другие. Базы данных геномов отдельных видов – SGD, FlyBase, Wormbase, MGI, MIPS, UCSC.            Введение в Unix и Perl. Обзор основных комманд Unix. Установка Unix под Windows. Perl – основной язык биоинформатики. Bioperl - Как perl спас проект «Геном человека».
Лекция 2 Молекулярная эволюция и популяционная генетика. Дарвин и Кропоткин. Типы мутаций. Изменчивость последовательностей внутри и между видами.	Шредингер "Что такое жизнь с точки зрения физика" Определения жизни Карла Сагана Кропоткин "Взаимопомощь как фактор эволюции" Дарвин "Происхождение видов" Дарвин "Путешествие на "Бигле"" Аминокислотные последовательности гена BRCA1 в формате Fasta, скачанные в классе с сайта  NCBI - BRCA1.fasta Выравненные последовательности из файла BRCA1.fasta - BRCA1.aln Открыть файл BRCA1.aln можно программой JalView
Лекция 3 Теория коалесценции. Распространение новых мутаций. Фиксация нейтральных мутаций. Случайный дрейф и селекционное давление. Теория нейтральной эволюции и адаптации.	Оригинальная публикация в Nature (2000) об исследовании митохондриальной ДНК "Mitohondrial Genome Variataion and the Origin of Modern Human" Оригинальная публикация в  (2001) об исследовании хромосомы Y "The phylogeography of Y chromosome binary haplotypes and the origins of modern human populations " О гене AMY1, способствующем переваривариванию крахмала: "Слюни сделали обезьяну человеком" Оригинальная публикация в Nature Genetics (2007) о вариации числа копий гена AMY1 и их связь с диетой и эволюцией человека: "Diet and the evolution of human amylase gene copy number variation"
Лекция 4 Модели эволюции нуклеотидных последовательностей. Модель Джукса-Кантора. Двупараметрическая модель Кимуры. Модель Хасегава-Кишино-Яно.     Модели эволюции аминокислотных последовательностей. Частоты аминокислотных замен. LOG-ODDs матрицы счета. Матрицы PAM, связь с физико-химическими свойствами аминокислот. Матрицы BLOSUM.	Оригинальная публикация группы Маргарет Дэйхофф о матрице PAM1 (1978) : "A Model of Evolutionary Change in Proteins" Оригинальная публикация о матрице BLOSUM (1992): "Amino acid substitution matrices from protein blocks." Физико-химические свойства аминокислот Буквенное обозначение аминокислот
Лекция 5 Поиск гомологичных последовательностей. Осваиваем программу BLAST.
Лекция 6 Проект «Дерево жизни» (TOL, Tree of Life). Горизонтальный обмен генов. Основные понятия о филогенетических деревьях. Метод расстояний. Невзвешенный метод парной группировки (UPGMA). Метод ближайшего соседа (NJ). Бутстрэп. Выравнивание и построение деревьев с помощью программы  сlustalw.	Ответы на вопросы: О GC-содержании у бактерий и связи матриц весов с энтропией. hem_alpha.fasta - последовательности гемоглобина альфа для разных видов в формате fasta Файлы, полученные в результате работы программы clustalw hem_alpha.aln -  выравнивание hem_alpha.dnd - вспомогательное дерево для выравнивания hem_alpha.dst - матрица расстояний с коррекцией Кимуры hem_alpha.ph - дерево, построенное методом ближайшего соседа NJ.
Лекция 7 Учимся программировать на Perl. Установка ActivePerl под Windows. Установка пакета BLAST под Windows. Использование blastp на примере геномов двух бактерий. Пример perl-скрипта для обработки результатов blastp.	Файлы, используемые во время лекции Aeropyrum_pernix_K1_uid57757.faa - полный набор белков бактерии Aeropyrum pernix K1 uid57757 Spirochaeta_thermphila.faa - полный набор белков бактерии Spirochaeta_thermphila.faa blast.out - результат работы blast c флагом -m 8 blast1.out - результат работы blast c флагом -m 9 blast2.out - результат работы blast без флагов parse_file.txt - скрипт, печатающий только хиты с процентом идентичности выравнивания >=50% blast_50%id.out - результат работы скрипта parse_file.pl
Лекция 8 Гомологи, ортологи, паралоги.Эволюция двух субъединиц АТФ-азы. Интеины. Эффект притяжения длинных ветвей.  Программы: ClustalX, SeaView, NJPlot, TreeViewX, FigTree	Файлы, используемые во время лекции ATPase_AB.txt - последовательности субъединиц A  и B ATP-азы (ATP-A и ATP-B) для представителей разных групп организмов ATPase_inteins.txt - последовательности ATP-A для представителей разных групп организмов, из которых две содержат интеины ATPase_inteins_LongBranch.txt - файл ATPase_inteins.txt, расширенный последовательностью ATP-A из флагеллярной ATP-азы. ATPase_inteins_unrelated.txt - - файл ATPase_inteins_LongBranch.txt, расширенный случайной неродственной последовательностью.
Лекция 9 Основные принципы работы на сервере. Установка SSH-соединения. Основные команды UNIX. Основные команды vi.
Лекция 10 Проблемы нахождения ортологов. BranchClust - филогенетический алгоритм отбора семейств генов. Отбор семейств генов на примере 5 геномов протеобактерий.

.djvu скачать